Musikpädagogik ist als wissenschaftliches Forschungsgebiet in besonderer Weise an die Praxis des Unterrichts in seinen vielfältigen Bedingungen geknüpft. Diesem Grundgedanken sind die wissenschaftlichen Aktivitäten an dieser Hochschule verpflichtet. Die Erforschung der Bedingungen des musikalischen Lernens und Lehrens von der Frühförderung bis zur Erwachsenenbildung stehen im Zentrum zahlreicher  Projekte. Die enge Anbindung an aktuelle musikpädagogische Fragestellungen geht mit einer verstärkten Tendenz zur Unterrichtsforschung und dem Ausbau der Kompetenz in qualitativer Forschungsmethodik einher. Die Musikhochschule ist in Kooperation mit der Universität an mehreren Drittmittelprojekten beteiligt. Besonderes Augenmerk wird auf den Aufbau des wissenschaftlichen Nachwuchses gelegt, der neben der individuellen Begleitung in einem gemeinsamen Doktorandenkolloquium kontinuierlich gefördert wird. Die Publikationsreihe „Musicolonia“ der Hochschule bietet den musikwissenschaftlichen und –pädagogischen Forschungsprojekten als Kommunikationsplattform.